Anacondaって得に何も考えずに手元で分析する時にはとても便利だと思うんですが、 Anaconda環境で製作したスクリプトをCIとかしようかなーと思ったときにちょっと困ります。
pip freeze > requirements.txtすると、（多分）pipで取ってこれないバージョンのライブラリが含まれてしまい、CIの環境構築フェーズでコケてしまいます。
（そもそもパッケージ多すぎ重すぎ問題もありますが）
手元でがんがん分析するなら何も考えずAnaconda環境で、 書いたコードをGitHubで管理したりCIでQAしたり考えている場合は、 面倒でもパッケージを取捨選択して一つずつ入れていく、といった感じで使い分けるのがよさそうです。 （秘伝のrequirements.txtがあるのであれば、それもまたよいと思います）